Ngày 10 tháng 4 năm 1809, chiến tranh Liên minh thứ năm bùng nổ khi quân đội Áo tấn công Bayern – một chư hầu của Pháp ở Nam Đức. Dưới sự chỉ huy trực tiếp của hoàng đế Napoléon I, đại quân Pháp đã phản kích vào Bayern và đến cuối tháng 4, quân Áo bị đánh bật vào lãnh thổ nước họ. Sau đó, Napoléon truy kích sang đất Áo và chiếm được kinh đô Viên ngày 12 tháng 5. Tuy nhiên, quân chủ lực Áo đã rút lui an toàn về đồng bằng Marchfeld trên bờ bắc sông Donau. Do vậy, ngay sau khi chiếm Viên Napoléon ráo riết chuẩn bị vượt sông Donau để truy diệt đội quân mạnh nhất của Áo[6]. Ngày 13 tháng 5, thống chế Pháp Jean Lannes tổ chức đánh chiếm cầu Nuisdorf, nơi có 2 tiểu đoàn Vệ binh quốc gia Viên chốt giữ. Quân Áo đã bẻ gãy các đợt công kích của Pháp và loại 700 quân của Lannes khỏi vòng chiến.[7] Không chiếm được cầu Nuisdorf, Napoléon quyết định chọn đảo Lobau (một trong những hòn đảo nhỏ giữa lòng sông Donau) làm điểm vượt sông mới của mình. Ông ta cho công binh xây các cầu từ Kaiser Ebersdorf ở bờ nam đến đảo Lobau, và từ Lobau đến bờ bắc sông Donau. Trong 2 ngày 20 – 21 tháng 5, các đơn vị Pháp tuần tự vượt sông Donau và đến sáng ngày 21 tháng 5, Napoléon đã đưa được khoảng 4 vạn quân lên đồng bằng Marchfeld.[8][9]

Tổng chỉ huy đội quân chủ lực Áo là thống chế-đại công tước Karl Ludwig, em ruột của hoàng đế Franz I. Do xét thấy địa hình đảo Lobau không thuận lợi cho quân đội Áo phát huy đầy đủ sức chiến đấu, Karl quyết định không ngăn cản quân Pháp vượt sông Donau.[9] Thay vì đó, Karl bí mật tập trung 95800 quân trên mạn đông bắc đồng bằng Marchfeld, gồm 4 quân đoàn I, II, IV và VI (lần lượt do các tướng Heinrich von Bellegarde, Friedrich von Hohenzollern-Hechingen và Johann von Hiller chỉ huy) cùng quân đoàn dự bị (gồm bộ binh xung kích và kỵ binh) do vương công Johann I Josef xứ Liechtenstein chỉ huy. Chủ trương của Karl là để yên cho một bộ phận lớn quân địch vượt sang bờ bắc, sau đó ông ta sẽ tấn công cô lập lực lượng này trước khi quân chủ lực của Napoléon kịp kéo đến Marchfeld.[8][2] Karl chỉ đặt mục tiêu hạn chế là ép quân Pháp lui về đảo Lobau, chứ không có dự định tiêu diệt quân chủ lực Pháp.[10] Công binh Áo cũng thả nhiều thuyền lửa, cối xay nước và cây trôi sông để phá hỏng chiếc cầu được xây vội từ Lobau đến Marchfeld, làm công binh Pháp tốn nhiều thời gian phục chế cầu, và quan trọng hơn nữa, là khiến Napoléon không thể nào đưa toàn bộ binh lực sang sông trong trận đánh sắp tới.[9][11]

Sau khi vượt sang bờ bắc sông Donau trong đêm ngày 20 tháng 5, thống chế Pháp André Masséna đã leo lên tháp nhà thờ thị trấn Aspern và quan sát thấy một ít đốm lửa trại của Áo. Masséna lập tức báo cáo với Napoléon rằng quân đội Áo đang triệt thoái. Napoléon đích thân vượt sông Donau vào ngày 21 tháng 5, rồi ông ta ra lệnh tăng cường phòng thủ các đầu cầu quân Pháp trên bờ bắc. Tuy nhiên Masséna chỉ phòng bị sơ sài vì ông ta nghĩ rằng việc cố thủ đầu cầu là không cần thiết trong lúc quân Áo đang rút chạy.[11] Thực tế hoàn toàn trái ngược với suy nghĩ của Masséna: cuối ngày 20 – đầu ngày 21 tháng 5, quân đội Áo đã bắt đầu di chuyển về phía tây Marchfeld, để đột kích vào quân đoàn IV của Masséna giữa 2 làng Aspern và Essling. Karl dự định tập trung các quân đoàn I, II và IV, I công kích cánh trái quân Pháp tại Aspern, trong khi quân đoàn IV đánh thốc vào cánh phải đich ở Essling. Đồng thời, Karl bài trí quân đoàn kỵ binh dự bị ở trung tâm đội hình để ngăn chặn, tiêu diệt kỵ binh Pháp phản kích.[8][11]